Chaavik bei MTS hat gerade ein ähnliches Problem. Ihr wird ein Duplikat angezeigt, aber sie findet die zweite Datei nicht. Das Tool ist noch in der Testphase, daher kann es gut noch Fehler enthalten.
Hast Du die aktuelle Version (gibt zur Zeit praktisch täglich 1-2 neue Versionen) ?
Ansonsten hast Du 3 Varianten:
1. Nimm mal irgendeine Datei als Beispiel raus und durchsuche Deine Festplatte danach. Dann weisst Du ob Du die Datei zweimal hast.
2. Deaktiviere eine Datei (sie wird nicht gelöscht, nur umbenannt) und schau, ob der DL noch im Spiel ist.
3. Warte auf Antwort von Delphy zu Chaaviks Problem.
Ausprobiert habe ich es selber noch nicht ...
EDIT: Da war wohl ein Problem vorhanden. Stell sicher, dass Du die aktuelle Version hast.